Urodził się 30 czerwca, bądź 12 lipca 1888 w Warszawie. Jego ojciec Czesław Janiszewski był prawnikiem oraz dyrektorem Towarzystwa Kredytowego Miejskiego w Warszawie, zaś matką była Julia z domu Szulc-Cholnicka. Uczył się w szkole realnej w Warszawie, jednakże z uwagi na fakt, że wziął udział w strajku szkolnym zmuszony był do zmiany szkoły, więc edukację kontynuował we Lwowie.
Po zdaniu egzaminu dojrzałości rozpoczął studia na Uniwersytecie w Zurychu na Wydziale Filozoficznym, lecz po pierwszym semestrze przeniósł się na Uniwersytet w Getyndze. Tam poznał wybitnego matematyka jakim był David Hilbert oraz skupioną wokół niego grupę. Pod ich wpływem stworzył pierwszą pracę, która traktowała o teorii obszarów wypukłych i pewnej ich kwalifikacji. Następnie kontynuował studia w Paryżu na Sorbonie, gdzie obronił licencjat. Zaczął też publikować w czasopiśmie wydawanym przez Francuską Akademię Nauk. W czasie pobytu we Francji Janiszewski poznał Marka Sangniera, który był przywódcą chrześcijańskiej demokracji. Polityk głosił hasła o równouprawnieniu kobiet, a także był orędownikiem pacyfizmu. Matematyk był pod tak wielkim wrażeniem działacza, że zadedykował mu swoją pracę doktorską, jednocześnie wdrażając w życie zasady bliskie francuzowi.
Doktorat obronił 19 czerwca 1911. W swojej pracy „Sur les continus irreductibles entre deux points” („O kontinuach nieprzywiedlnych między dwoma punktami”) pierwszy raz zastosował algebrę logiczną, a pracę oceniali wybitni matematycy – Henri Poincaré i Maurice Fréchet. Rozprawa była niezwykle ważna dla matematyki, a szczególnie działu skupiającego się na typologii.
Po powrocie do Warszawy wykładał na Wydziale Przyrodniczym i Wydziale Humanistycznym, jednocześnie pracując nad dorobkiem naukowym, czego efektem była praca On cutting the plane by continua („O rozcinaniu płaszczyzny przez kontinua”) z zakresu topologii płaszczyzny.
Gdy wybuchła I wojna światowa walczył w Legionach Polskich, a w roku 1916 r. kiedy to miał miejsce kryzys przysięgowy osiadł w Radomiu. Tam poświęcił się pracy nauczyciela i uczył bezdomne dzieci. M.in. to doświadczenie zainspirowało go do napisania artykułu „O potrzebach matematyki w Polsce”, który ukazał się w czasopiśmie naukowym „Nauka Polska”. Jego dorobek naukowy został doceniony i w wieku 29 lat został profesorem Uniwersytetu Warszawskiego.
Narzeczoną Janiszewskiego była Janina Kelles-Krauz, która była córką Kazimierza Kelles-Krauz. Ojciec był filozofem i socjologiem, był także działaczem i teoretykiem Związku Socjalistów Polskich, a następnie Polskiej Partii Socjalistycznej. Młodzi planowali ślub, jednakże sielankę przerwała tragedia. Janiszewski zachorował na panującą wówczas grypę, zwaną hiszpanką, na którą zmarł w wieku zaledwie 31 lat. Jego ciało spoczęło na Cmentarzu Łyczakowskim we Lwowie.
Janiszewski dał się poznać tylko jako wybitny matematyk, ale także jako filantrop. Część odziedziczonego majątku przeznaczył na cele społeczne i oświatowe.
Zaliczano go twórców warszawskiej szkoły typologii. To on stworzył program rozwoju polskiej matematyki, co stało się podstawową do powstania polskiej szkoły matematycznej. Kładł nacisk na teorię mnogości, a także typologii i logiki matematycznej. Ponadto współtworzył pierwsze na świcie specjalistyczne pismo poświęcone matematyce, tj. „Fundamenta Mathematicae”. Był także autorem „Poradnika dla samouków”, w którym zebrał artykuły polskich uczonych traktujące o zagadnieniach matematycznych. W poradniku pojawił się również cykl jego rozpraw o matematyce, które miały ułatwić zrozumienie matematyki na poziomie uniwersyteckim.
Publikacja powstała dzięki wsparciu Fundacji KGHM Polska Miedź