Urodzony 1 listopada 1875 r. Był synem Zofii Jasińskiej i Leonarda Chodźko, który był urzędnikiem Izby Skarbowej. Po ukończeniu szkoły średniej Witold rozpoczął studia na Uniwersytecie Warszawskim na Wydziale Lekarskim. Naukę kontynuował za granicą, kształcąc się na neurologa. Odbył praktyki w Paryżu oraz Grazu. Był asystentem dr Józefa Babińskiego, pod którego przewodnictwem stworzył pracę„Przyczynek do kwestii objawu ruchu paluchowego Babińskiego”. W 1914 r. poślubił Helenę Witkowską.
Mimo, iż jego kariera naukowa rozwijała się znakomicie to jednak po powrocie do Polski miał problem ze znalezieniem etatu w warszawskich szpitalach. Zmuszony został do pracy w ramach wolnej praktyki w osadzie Zaręby Kościelne koło Małkini, a następnie jako asystent w prywatnej lecznicy dla chorych psychicznie w Lublinie, którą prowadził Władysław Olechnowicz. Pracował także jako nadetatowy asystent w Szpitalu św. Wincentego à Paulo w Lublinie. Wreszcie, w 1903 r. los uśmiechnął się do niego i dostał awans na ordynatora Szpitala św. Jana Bożego w Lublinie. Następnie został dyrektorem w Szpitalu dla Psychicznie i Nerwowo Chorych w Kochanówce koło Łodzi, który istnieje po dziś dzień. W kolejnych latach zarządzał podobną placówką w Czerwonym Borze pod Radzyminem, a następnie został ordynatorem na Oddziale Psychiatrycznym Szpitala św. Jana Bożego w Warszawie, mieście z którym od młodzieńczych lat wiązał swoje życie.
W lutym 1917 r. rozpoczęła się jego kariera w instytucjach rządowych.
Tymczasowa Rada Stanu powierzyła mu w tym czasie funkcję kierownika Referatu Zdrowia Publicznego w Departamencie Spraw Wewnętrznych, który następnie przekształcono w Dyrekcję Służby Zdrowia Publicznego. Następnie lekarz był dyrektorem Służby Zdrowia, Opieki Społecznej i Ochrony Pracy Spraw Wewnętrznych Rady Regencyjnej. Kiedy powstało Ministerstwo Zdrowia, naczelnik Józef Piłsudski powierzył mu kierowanie resortem, co też czynił podczas kolejnych rządów. Według słów prof. J. Brzozowski, „Był to pierwszy minister Polski, do którego dwa razy w tygodniu, bez meldowania u sekretarzy, mógł się dostać każdy obywatel państwa, czy był bezrobotny, żebrak czy dziecko”.
Podczas okresu międzywojennego Chodźko pełnił szereg ważnych funkcji w instytucjach i organizacjach, będąc m.in. przewodniczącym Rady Wychowania Fizycznego i Kultury Cielesnej, prezesem Związku Zakładu Ubezpieczeń Pracowników Umysłowych, rządowym Związku Kas Chorych, czy Towarzystwie Oświatowo-Kulturalnym „Światło”, którym kierował jego serdeczny przyjaciel Stefan Żeromski. Chodźko kierował także Naczelną Izbą Lekarska. W ramach podziękowania za jego zasługi w 1920 r. został delegatem rządu w Lidze Narodów, gdzie kierował m.in. Komisją ds. Ośrodków Zdrowia.
W czasie trwania II wojny światowej oficjalnie pracował w bibliotece Państwowej Szkoły Higieny. Działał na rzecz mieszkańców Warszawy w Polskim Komitecie Opiekuńczym, jak również pełnił funkcję zastępcy prezesa Stołecznego Komitetu Samopomocy Społecznej. Ponadto byłnaczelnym lekarzem Grodziskiego Oddziału Polskiego Czerwonego Krzyża.
Po zakończeniu wojny nadal spełniał posługę lekarską i działał w instytucjach na rzecz zdrowia. Pracował także jako profesor Katedry Higieny Ogólnej na Wydziale Lekarskim Uniwersytetu Marii Skłodowskiej-Curie. Był inicjatorem i twórcą Zespołu Naukowo-Badawczego dla Chorób Zawodowych Wsi, który został przekształcony w Instytut Medycyny i Higieny Wsi w Lublinie, mający dziś za patrona Witolda Chodźko.
Pomimo, iż był cenionym lekarzem, społecznikiem i politykiem Uniwersytet Warszawski nie zdecydował się, aby uczynić go kandydatem do Nagrody Nobla. Mogło to mieć związek z faktem, iż Chodźko przynależał do loży masońskiej.
Publikacja powstała dzięki wsparciu Fundacji KGHM Polska Miedź